Jennifer Aniston wurde im Februar 1969 

in Sherman Oaks, einem Stadtteil von 

Los Angeles geboren. Zusammen mit ihrer Familie lebte Aniston als Kind ein Jahr in Griechenland, verbrachte dann aber den Großteil ihrer Kindheit und Jugend in New York City. Ihre Eltern ließen sich scheiden, als Aniston neun Jahre  alt war.

Daraufhin wurde sie von ihrer Mutter alleine in New York aufgezogen, während ihr Vater nach Los Angeles zog, wo er seit 1985 in der Fernsehserie Zeit der Sehnsucht die Rolle des Victor Kiriakis spielt. Aniston besuchte die

New Yorker Rudolf Steiner School, wo sie in der Theatergruppe mitspielte und ihr Interesse für Kunst entdeckte. Als sie elf Jahre alt war, wurde eines ihrer Gemälde im New Yorker Metropolitan Museum of Art ausgestellt.Später besuchte sie die Fiorello H. LaGuardia High School of Music & Art and Performing Arts in Manhattan, wo sie gemeinsam mit Chaz Bono im Jahr 1987 ihren Schulabschluss machte. Da ihre Gagen nicht besonders hoch waren, verdiente sie sich ihren übrigen Lebensunterhalt als Fahrradkurierin und Kellnerin.